La storia di Assassin’s Creed inizia nel settembre del 2012, quando un barista di nome Desmond Miles si risveglia dopo una sessione difettosa dell’Animus, uno speciale macchinario super tecnologico, all’interno dei laboratori delle Industrie Abstergo, a Roma, dopo essere stato rapito. Desmond, infatti, è stato “scelto” per il progetto per via del suo antenato, Altaïr, un membro della Setta degli Assassini, vissuto durante la Terza Crociata in Terra Santa; i dirigenti dell’Abstergo mostrano particolare interesse su qualcosa con cui ha avuto a che fare Altaïr e vorrebbero saperne di più.
I due ricercatori che lavorano al progetto Animus e che supervisioneranno il lavoro di Desmond sono il dottor Warren Vidic e la sua assistente, Lucy Stillman. Questi ultimi spiegano a Desmond che nel DNA sono contenuti non solo le informazioni genetiche, ma anche i ricordi degli antenati, e l’Animus è in grado di prendere queste informazioni e di proiettarle come immagini.
Altaïr durante un assassinio
Il primo ricordo risale ad un’importante missione di recupero del tesoro dei templari nel Tempio di Salomone, durante la quale Altaïr tenta di uccidere il gran maestro dei Templari, Roberto di Sable. Tuttavia, l’assassino fallisce e, a causa di una frana, viene separato dai compagni ed è costretto a ritornare a mani vuote alla città di Masyaf; ma uno dei suoi compagni, Malik, riuscirà a recuperare l’artefatto, perdendo però un braccio e il fratello, poiché Altaïr, troppo fiducioso in se stesso, ha messo in pericolo tutta la setta.
Roberto di Sable, deciso a riprendersi ciò che gli è stato tolto, decide di assediare Masyaf. Grazie ad un aiuto interno, l’uomo si fa aprire le porte, ma i suoi uomini vengono uccisi sotto le mura del castello, grazie ad una trappola azionata da Altaïr, quindi è costretto a ritirarsi. Il maestro della setta, Al Mualim, processa ed accoltella Altaïr per aver disobbedito ai principi della setta. Una volta curato, Altaïr viene degradato da Priore, il secondo grado più alto, a Novizio, il grado più basso. Al Mualim però gli offre la possibilità di redimersi assassinando nove uomini, responsabili di fomentare la guerra in corso nella regione. Così facendo, Altaïr riporterebbe la pace nella regione e riacquisterebbe il proprio grado di Priore.
Ma nel corso della sua avventura, Altaïr scoprirà che tutti i suoi bersagli, uomini appartenenti sia alla fazione dei Crociati che a quella dei Saraceni, sono collegati tra di loro da un patto di sangue, simile a quello degli Assassini: il loro obiettivo è creare un nuovo mondo e, per ottenere ciò, serve loro l’artefatto rubato. Ad ogni obiettivo eliminato, ad Altaïr viene restituito un rango e una parte del suo equipaggiamento: spada, spada corta e pugnali da lancio. Procedendo nella sua missione, Al Mualim gli spiegherà che la setta rivale altri non sono che i Templari; essi vogliono avere il controllo della Terra Santa, ma non in nome della Chiesa, bensì per loro stessi, per “imporre” la pace e creare così “il mondo perfetto”. Per raggiungere tale scopo, i Templari si sono infiltrati in entrambi gli schieramenti, alcuni di loro sono infatti reggenti di città, comandanti di eserciti o grandi mercanti. Al Mualim spiegherà anche che condivide la loro idea di pace, ma non i mezzi per ottenerla; infatti, i bersagli di Altaïr compiono gesti atroci, come condanne a morte sommarie o esperimenti medici su esseri umani oltre i limiti della morale.
Dopo aver assassinato otto uomini, la sua ultima vittima, Roberto di Sable, rivela ad Altaïr che erano in realtà 10 gli uomini a sapere del Tesoro di Salomone e che il decimo è Al Mualim stesso ma che, a differenza degli altri 9, non voleva condividere quel potere con nessuno e, per dimostrargli la sua buona fede, gli fa notare di come egli sapesse sempre dove trovare i bersagli. Tramite questa rivelazione, Altaïr scopre così che Al Mualim è in combutta coi Templari e che tutta la città di Masyaf rischia di cadere in una trappola preparata da quest’ultimo.
Tornato di corsa a casa e in preda alla rabbia, Altaïr scopre che l’intero villaggio è finito sotto il controllo mentale di Al Mualim. Il maestro gli rivela il motivo per cui gli ha fatto assassinare i bersagli, ovvero per impedire che altri mettessero le mani sul manufatto, il “Frutto dell’Eden”, in grado di controllare i cuori e le menti di chi lo contempla, anche se stranamente Altaïr sembra immune al controllo mentale. Dopo un duro scontro, Altaïr uccide Al Mualim e l’artefatto si attiva, disegnando un mappamondo olografico, con una precisione impossibile per il XII secolo, che rivela la locazione di altri “Frutti dell’Eden”.
Con le memorie di Altaïr complete, a Desmond viene rivelato che all’Abstergo servivano i ricordi del protagonista per sapere dove cercare gli artefatti; infatti, la compagnia vuole usarli per creare un mondo perfetto, essendo loro i discendenti odierni dei Templari, il cui scopo è quello di controllare le menti di tutto il globo terrestre, lanciando in orbita un satellite con il “Frutto dell’Eden” a bordo ed uccidendo chiunque resisterà. L’Abstergo non ha più bisogno di Desmond e lo vorrebbe eliminare, ma Lucy lo salva, dicendo che le sue memorie potrebbero ancora servire, e di non lasciare niente al caso. Warren Vidic lascia la stanza dicendo a Desmond di non rilassarsi troppo e che presto ci sarà ancora bisogno di lui.
Nel corso della storia, verrà mostrato come Lucy sia in realtà anch’essa un membro degli Assassini, infiltrata nell’Abstergo per controllare Desmond e spiare i dirigenti. Proprio quest’ultima, spiegherà a Desmond che l’Abstergo è stata fondata dai Templari, che hanno governato segretamente il mondo fino a quell’epoca e che ancora danno la caccia agli Assassini.
Nella conclusione del gioco, Desmond vedrà attraverso l'”Occhio dell’Aquila”, proprio come sapeva fare il suo antenato, Altaïr. L’uomo vedrà inoltre Lucy allontanarsi, attorniata da un alone blu, mentre Vidic sarà attorniato da un alone rosso. In seguito, Desmond andrà nella sua stanza per vedere il muro pieno di simboli ignoti e scritte in lingue straniere, il tutto realizzato con del sangue. Infine, curiosando nei computer presenti, si potranno scoprire alcuni dettagli riguardanti l’Abstergo e le sue attività.
